Hedgehog (Hh) 通路通过调节组织模式、细胞增殖和分化，在后生动物发育和成体组织稳态过程中调节细胞的命运。脊椎动物 Hh 信号主要依赖于初级纤毛，当细胞外 Sonic, Desert 或 Indian Hh 配体 (Shh, Dhh, Ihh) 与 Hh 应答细胞上的跨膜受体 Patched (Ptch) 结合时，该通路激活。与 Ptch 结合的配体允许跨膜蛋白 Smoothened (Smo) 转运到初级纤毛，在那里它激活胶质瘤相关癌基因 (Gli) 转录因子 Gli2 和 Gli3。这些转运到细胞核并启动包括 Gli1 在内的 Hh 靶基因的转录。

在缺乏 Hh 配体的情况下，受体 PTCH 位于初级纤毛 (PC) 中，并抑制 Smo (传递 Hh 信号的必要受体) 向初级 PC 移动。在这种情况下，Sufu 抑制 Gli2/3FL 的全长形式，在胞质溶胶中它们被由 PKA、GSK3β 和 CK1α 组成的多蛋白激酶复合物部分磷酸化和蛋白水解。这产生了阻遏物形式，即 Gli2/3 阻遏物 (Gli2/3R)，其易位至细胞核以结合并抑制 Hh 靶基因的表达。存在 Hh 配体的情况下，Gas1、Cdo 和 Boc 是促进 Hh-Ptch 结合的共受体。Hh 配体与 Ptch 的结合消除了 Ptch 对 Smo 的抑制作用，并驱动了 Smo 在 PC 中的积聚和激活，导致 Smo 对 Sufu 的抑制和 Gli2/3FL 的解离。驱动蛋白家族成员 7 (Kif7) 是哺乳动物 Gli 蛋白的核心调节因子，以 Hh 依赖的方式从基底体移动到 PC 的顶端，帮助 Smo 在 PC 中积累。然后，Gil2/3FL 被丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 (包括 ULK3 和 STK36) 磷酸化，导致 Gli2/3 激活剂 (Gle2/3 A) 的形成并易位到细胞核中。一旦进入细胞核，Gli2/3 A 上调 Hh 信号的转录靶标，包括 Ptch 和另一种 Hh 结合蛋白 Hhip。